水上巴士航线共有11条航线、具有经营资质码头27座，客运船舶43艘，总里程47.2公里，是广州市继公共汽车、出租车、地铁后的第4套公交系统，为缓解陆上交通压力、服务市民出行起到了较好的作用。
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航线:鳌洲-西堤
营运时间：
鳌洲码头：6:45-20:15时，逢00、15、30、45分发班；
西堤码头：6:52-20:30时，逢08、22、38、52分发班。
备注：西堤码头尾班船发班时间为20：30时。
公交接驳情况：
鳌洲码头公交：为131A、131B和188。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
西堤码头公交：
南方大厦总站：1、38、238、251、538、高峰快线36、31、57、64、128、131a、186、208、209、217、219、236、281、552、556、823、旅游2线、夜31、夜26、夜69、夜72。
公交线路主要覆盖：码头周边商户，人民南、上下九等商圈。
地铁：六号线文化公园站。
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航线:深井-新洲
营运时间：
深井码头：5:45-21:45时；
新洲码头：6:00-22:00时。
班次间隔：
深井码头：每隔30分钟一班次；
新洲码头：每隔30分钟一班次。
备注：深井码头：07:15-08:15及17:40-18:20 ，每20分钟一班次；
新洲码头：07:25-08:05及17:50-18:30 ，每20分钟一班次。
公交接驳情况：
新洲码头公交：
新洲码头站：137、262。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
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航线:黄沙-白鹅潭艺术中心码头
营运时间：
黄沙码头：6:00-22:00时；
白鹅潭艺术中心码头：6:00-22:00时；
班次间隔：
黄沙码头：每隔15分钟一班次；
白鹅潭艺术中心码头：每隔15分钟一班次。
公交接驳情况：
黄沙码头公交：
南方大厦总站：1、9、25、57、64、81、105、123、181、188、208、209、217、219、236、270、281、538、552、556、夜26、夜1、夜36、夜67、夜72。
公交线路主要覆盖：码头周边商户，人民南、上下九等商圈。
地铁：一号线黄沙站。
白鹅潭艺术中心码头公交：
芳村码头总站:782、966。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
地铁：1号线芳村站。
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航线:堑口-省总
营运时间：
堑口码头：07:00-18:30时，逢00、15、30、45分发班；
省总码头：07:08-18:40时，逢08、22、38、52分发班。
备注：省总码头尾班船发班时间为18：40时。
公交接驳情况：
堑口码头公交：
堑口码头（一劳大旧址）站：121A、121、131A、131B。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
省总码头公交：
靖海路口站：4、57、58、61、64、128、131B、208、219、236、广281、广夜67、旅游公交2线、夜16、夜1、夜31、夜69。
公交线路主要覆盖：码头周边商户。
地铁：二号线海珠广场站，六号线一德路站。
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航线:白蚬壳-白鹤洞
营运时间：
白蚬壳码头：07:00-20:00时；
白鹤洞码头：07:10-19:50时。
班次间隔：
深井码头：每隔30分钟一班次；
新洲码头：每隔30分钟一班次。
备注：白蚬壳码头：7:00-09:00及17:00-20:00，每20分钟一班次；
白鹤洞码头：7:10-08:50及17:10-19:50，每20分钟一班次。
公交接驳情况：
白蚬壳码头公交：19、217、高峰快线46、广277、夜11、夜72。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
白鹤洞码头公交：583、967、243、489、583、813、963、967和广123。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
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航线:长洲-鱼珠
营运时间：
长洲码头：05:45-24:00时；
鱼珠码头：05:45-23:50时。
班次间隔：
深井码头：每隔15分钟一班次；
新洲码头：每隔15分钟一班次。
备注：1. 07:00-09:00及17:00-19:00每10分钟一班次；
2.夜班船开行时间：
鱼珠码头：22:00、22:30、23:10、23:50时；
长洲码头：22:15、22:50、23:30、24:00时。
公交接驳情况：
长洲码头公交：383、430和夜65。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
鱼珠码头公交：431、43、261、329、348和B31。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。