水上巴士航线共有14条航线、具有经营资质码头28座，客运船舶43艘，总里程56.96公里，是广州市继公共汽车、出租车、地铁后的第4套公交系统，为缓解陆上交通压力、服务市民出行起到了较好的作用。
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航线:金沙洲-黄沙(如约定制航线)
营运时间：
金沙洲码头：上午07:00时、08:00时，下午17:00时、18:00时；
黄沙码头：上午07:30时、08:30时，下午17:30时、18:30时；
备注：1.逢工作日开航，节假日不开设公交航班。
2.如约定制航线的航班需通过广州定制公交平台（APP或微信号）约满一定人数后才发班，具体以广州定制公交平台发布内容为准。
公交接驳情况：
金沙洲码头公交：745、佛230和746。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
黄沙码头公交：
南方大厦总站：1、9、25、57、64、81、105、123、181、188、208、209、217、219、236、270、281、538、552、556、夜26、夜1、夜36、夜67、夜72。
公交线路主要覆盖：码头周边商户，人民南、上下九等商圈。
地铁：一号线黄沙站。
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航线:第一段:芳村-西堤-天字-中大(如约定制航线)第二段:天字-中大(短线)
第一段：芳村-西堤-天字-中大(如约定制航线)
营运时间：
芳村码头：上午07:00时、08:00时，下午17:00时、18:00时；
中大码头：上午07:00时、08:00时，下午17:00时、18:00时；
备注：1.2020年5月15日起广州塔码头站点临时迁址至广州财富码头站点运营。
2.逢工作日开航，节假日不开设公交航班。
3.如约定制航线的航班需通过广州定制公交平台（APP或微信号）约满一定人数后才发班，具体以广州定制公交平台发布内容为准。
第二段：天字-中大(短线)
营运时间：
中大码头：7:00-17:00时；
天字码头：7:30-17:45时；
备注：天字码头尾班船发班时间为17:45时。
班次间隔：
中大码头：每隔60分钟一班次；
天字码头：每隔60分钟一班次。
公交接驳情况：
芳村码头公交：
芳村码头总站:782、966。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
地铁：1号线芳村站。
西堤码头公交：
南方大厦总站：1、38、238、251、538、高峰快线36、31、57、64、128、131a、186、208、209、217、219、236、281、552、556、823、旅游2线、夜31、夜26、夜69、夜72。
公交线路主要覆盖：码头周边商户，人民南、上下九等商圈。
地铁：六号线文化公园站。
天字码头公交：
南关站：1、10、183、194、219、544、夜1。
天字站码头站：4、57、128、131、208、夜31。
公交线路主要覆盖：码头周边商户，北京路商圈。
地铁：二号线海珠广场站 六号线北京路站。
中大码头公交：
中大北门站8、11、24、121、121A、131A、131B、182、229、247、266、旅游1线、旅游2线、夜6、夜42。公交线路主要覆盖：码头周边住户、新港路、下渡路。
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航线:如意坊-坦尾（2019年1月8日起暂停营运）
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航线:海幢-西堤（2018年12月11日起暂停营运）
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航线:鳌洲-西堤
营运时间：
鳌洲码头：6:45-20:15时，逢00、15、30、45分发班；
西堤码头：6:52-20:30时，逢08、22、38、52分发班。
备注：西堤码头尾班船发班时间为20：30时。
公交接驳情况：
鳌洲码头公交：为131A、131B和188。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
西堤码头公交：
南方大厦总站：1、38、238、251、538、高峰快线36、31、57、64、128、131a、186、208、209、217、219、236、281、552、556、823、旅游2线、夜31、夜26、夜69、夜72。
公交线路主要覆盖：码头周边商户，人民南、上下九等商圈。
地铁：六号线文化公园站。
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航线:鱼珠-新洲（2020年1月25日起暂停营运）
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航线:深井-新洲
营运时间：
深井码头：5:45-21:45时；
新洲码头：6:00-22:00时。
班次间隔：
深井码头：每隔30分钟一班次；
新洲码头：每隔30分钟一班次。
备注：深井码头：07:15-08:15及17:40-18:20 ，每20分钟一班次；
新洲码头：07:25-08:05及17:50-18:30 ，每20分钟一班次。
公交接驳情况：
新洲码头公交：
新洲码头站：137、262。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
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航线:黄沙-芳村
营运时间：
黄沙码头：6:00-22:00时；
芳村码头：6:00-22:00时；
班次间隔：
黄沙码头：每隔10分钟一班次；
芳村码头：每隔10分钟一班次。
公交接驳情况：
黄沙码头公交：
南方大厦总站：1、9、25、57、64、81、105、123、181、188、208、209、217、219、236、270、281、538、552、556、夜26、夜1、夜36、夜67、夜72。
公交线路主要覆盖：码头周边商户，人民南、上下九等商圈。
地铁：一号线黄沙站。
芳村码头公交：
芳村码头总站:782、966。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
地铁：1号线芳村站。
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航线:芳村-永兴街（2018年11月23日起暂停营运）
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航线:纺织-天字
营运时间：
纺织码头：6:45-19:00时，逢00、15、30、45分发班；
天字码头：6:38-18:52时，逢08、22、38、52分发班。
公交接驳情况：
纺织码头公交：
草芳围站：8、16、121A、121、131A、131B、B21、夜6。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
天字码头公交：
南关站：1、10、183、194、219、544、夜1。
天字站码头站：4、57、128、131、208、夜31。
公交线路主要覆盖：码头周边商户，北京路商圈。
地铁：二号线海珠广场站 六号线北京路站。
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航线:堑口-省总
营运时间：
堑口码头：07:00-18:30时，逢00、15、30、45分发班；
省总码头：07:08-18:40时，逢08、22、38、52分发班。
备注：省总码头尾班船发班时间为18：40时。
公交接驳情况：
堑口码头公交：
堑口码头（一劳大旧址）站：121A、121、131A、131B。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
省总码头公交：
靖海路口站：4、57、58、61、64、128、131B、208、219、236、广281、广夜67、旅游公交2线、夜16、夜1、夜31、夜69。
公交线路主要覆盖：码头周边商户。
地铁：二号线海珠广场站，六号线一德路站。
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航线:白蚬壳-白鹤洞
营运时间：
白蚬壳码头：07:00-20:00时；
白鹤洞码头：07:10-19:50时。
班次间隔：
深井码头：每隔30分钟一班次；
新洲码头：每隔30分钟一班次。
备注：白蚬壳码头：7:00-09:00及17:00-20:00，每20分钟一班次；
白鹤洞码头：7:10-08:50及17:10-19:50，每20分钟一班次。
公交接驳情况：
白蚬壳码头公交：19、217、高峰快线46、广277、夜11、夜72。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
白鹤洞码头公交：583、967、243、489、583、813、963、967和广123。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
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航线:长洲-鱼珠
营运时间：
长洲码头：05:45-24:00时；
鱼珠码头：05:45-23:50时。
班次间隔：
深井码头：每隔15分钟一班次；
新洲码头：每隔15分钟一班次。
备注：1. 07:00-09:00及17:00-19:00每10分钟一班次；
2.夜班船开行时间：
鱼珠码头：22:00、22:30、23:10、23:50时；
长洲码头：22:15、22:50、23:30、24:00时。
公交接驳情况：
长洲码头公交：383、430和夜65。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
鱼珠码头公交：431、43、261、329、348和B31。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
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航线:中大-海心沙
营运时间：
中大码头：07:30-17:30时；
海心沙码头：08:00-18:00时。
班次间隔：
中大码头：每隔60分钟一班次；
海心沙码头：每隔60分钟一班次。
公交接驳情况：
中大码头公交：
中大北门站8、11、24、121、121A、131A、131B、182、229、247、266、旅游1线、旅游2线、夜6、夜42。公交线路主要覆盖：码头周边住户、新港路、下渡路。
海心沙码头公交：499、866、293，接驳轨道交通为APM海心沙站。
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航线:长洲-鱼珠-海心沙(如约定制航线)
营运时间：
长洲码头：07:00时、07:30时，08:00时；
海心沙码头：17:30时、18:00时，18:30时；
备注：如约定制航线的航班需通过广州定制公交平台（APP或微信号）约满一定人数后才发班，具体以广州定制公交平台发布内容为准。
公交接驳情况：
长洲码头公交：383、430和夜65。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
鱼珠码头公交：431、43、261、329、348和B31。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
海心沙码头公交：499、866、293，接驳轨道交通为APM海心沙站。
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航线:黄沙-南浦(含如约定制航线)
营运时间：
黄沙码头：07:05-18:25时；
南浦码头：07:05-18:25时。
班次间隔：
黄沙码头：07:05-08:25时,17:45时-18:25时，每隔40分钟一班次；09:00时-17:00时期间为平峰期，逢正点发班。
南浦码头：07:05-8:25时,017:45时-18:25时，每隔40分钟一班次；09:00时-17:00时期间为平峰期，逢正点发班。
备注：1.工作日公交固定航班：南浦往黄沙方向（07:05/07:45）；黄沙往南浦方向（17:45/18:25），无需预约，节假日不开设公交固定航班。其余时段为如约定制航班，需预约。
2.如约定制航线的航班需通过广州定制公交平台（APP或微信号）约满一定人数后才发班，具体以广州定制公交平台发布内容为准。
公交接驳情况：
黄沙码头公交：
南方大厦总站：1、9、25、57、64、81、105、123、181、188、208、209、217、219、236、270、281、538、552、556、夜26、夜1、夜36、夜67、夜72。
公交线路主要覆盖：码头周边商户，人民南、上下九等商圈。
地铁：一号线黄沙站。
南浦码头公交：番57、310和311。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
地铁：二号线南浦站。
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航线:石围塘-黄沙-坦尾-石围塘(如约定制航线)
营运时间：
石围塘码头：07:00-18:15时。
班次间隔：
石围塘码头：每隔45分钟一班次。
备注：如约定制航线的航班需通过广州定制公交平台（APP或微信号）约满一定人数后才发班，具体以广州定制公交平台发布内容为准。
公交接驳情况：
石围塘码头公交：783。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
黄沙码头公交：
南方大厦总站：1、9、25、57、64、81、105、123、181、188、208、209、217、219、236、270、281、538、552、556、夜26、夜1、夜36、夜67、夜72。
公交线路主要覆盖：码头周边商户，人民南、上下九等商圈。
地铁：一号线黄沙站。
坦尾码头公交：204、209、416。
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
地铁：六号线如意坊站。